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Les serveurs de calcul et les logiciels


Grappe de calcul

Une grappe de calcul de plus de 80 machines multi-cœurs, pour un total de plus de 1000 cœurs, est accessible à travers un système de gestion de travaux orchestrées par une frontale, qui fait également office de serveur de fichiers. La plus grande partie de la grappe se trouve dans la salle-serveurs du LCP, mais une seconde partie est hébergée dans la salle à haute efficacité énergétique de l’Université Paris-Sud, VirtualData.

Ces machines sont destinées aux calculs de chimie quantique, de modélisation moléculaire, et de simulation en général. La plupart des codes standards (Gaussian, Amber, MolPro, Charmm, Lammps,...) sont disponibles. Sur la macjine frontale, sont également installés des compilateurs et des logiciels de visualisation (GaussView, VMD, MolDen, xmgrace) pour faciliter l’analyse des résultats.

Des codes de calcul sont développées ou co-développés au laboratoire, grâce au soutien en génie logiciel de Jean-Marie Teuler (IR CNRS) :

  • deMon2k : logiciel de chimie quantique, notamment pour les calculs dans le cadre de la théorie de la fonctionnelle de la densité ;
  • ElVibRot : programme de dynamique quantique (spectroscopie vibrationnel, propagation de paquets d’ondes) ;
  • Gibbs : logiciel de simulation moléculaire de type Monte-Carlo ;
  • Newton : logiciel de dynamique moléculaire ;
  • MassXpert version 2 : analyse de données de spectroscopie de masse.