Le projet préparé par Jacqueline BELLONI, directeur de recherches au CNRS et alors directeur du Laboratoire de Physico-Chimie des Rayonnements, aidée de son équipe (J.-L. MARIGNIER, M. MOSTAFAVI, J. AMBLARD) fut soumis en 1989 à la Direction de la Recherche de l’UFR d’Orsay et au Président Jack ROBERT et aux Conseils de l’Université Paris-Sud de qui il reçut un encouragement immédiat. Les Présidents qui suivirent, Alain GAUDEMER et Xavier CHAPUISAT, maintiendront ce soutien. En particulier, le bâtiment de l’ancien accélérateur vertical, désaffecté depuis 1988 et voisin du 350 où se trouvait le LPCR, fut attribué officiellement au projet sous condition que les financements de son extension/rehabilitation soient obtenus. L’enveloppe financière de lancement fut évaluée à 42 MF avec une participation prévue de 15 MF (Région Ile-de-France) + 15 MF (Conseil Général de l’Essonne) + 5 MF (MENRT) + 5 MF (Sciences Chimiques du CNRS) + 2 MF (Université Paris-Sud). Les tutelles MENRT et CNRS devaient s’engager en outre sur les 4 postes d’ingénieurs indispensables pour le fonctionnement du projet et sur les crédits de fonctionnement futurs.
L’accueil au projet du Directeur du Département des Sciences Chimiques du CNRS Paul RIGNY, nouvellement nommé en 1990, fut également très positif. Michel GAILLARD, Directeur du Laboratoire de Photophysique Moléculaire, faisant partie du même Institut de Physico-Chimie Moléculaire d’Orsay, s’impliqua personnellement comme co-pilote avec Jacqueline BELLONI. D’autres équipes de l’Institut s’y associèrent. Les projets scientifiques, les spécifications de l’instrument et l’implantation immobilière furent définis au cours de nombreuses concertations à l’échelle française (Ateliers, Lettres d’information, Communications en congrès). Des équipes européennes manifestèrent également leur intérêt pour accéder à cette instrument performant.
Cependant, d’une part la politique de la décentralisation des moyens de recherche hors de la Région Ile-de-France, et d’autre part la création de nouvelles universités dans la grande couronne plaidaient au CNRS et au Ministère des Universités pour la création d’un tel Centre dans une région autre que l’Ile-de-France. Des implantations à Orléans et à Strasbourg, financées par les Régions, furent étudiées, bien qu’elles impliquaient de facto une scission du Laboratoire de Physico-Chimie des Rayonnements qui avait été à l’origine du projet, et bien que la majorité des utilisateurs potentiels se trouvaient en région Ile-de-France. Parallèlement, le projet était soumis par le Conseil Régional d’Ile-de-France et le Conseil Général de l’Essonne à des rapporteurs scientifiques qui concluaient positivement à sa pertinence. Les premiers crédits furent effectivement votés par le Conseil Régional d’Ile-de-France en 1993 à hauteur de 15 MF sous condition de faire compléter le budget avant 1998. Les négociations avec les autres partenaires financiers, le Conseil Général de l’Essonne, le Directeur des Sciences chimiques au CNRS Jean-Claude BERNIER et le Directeur de la Recherche au Ministère Bernard BLANZAT se poursuivirent donc et finalement aboutirent en 1998. Totalement financé par l’ensemble des parties, le projet, désormais baptisé ELYSE (comme LYSE par Electrons), pouvait être réalisé.